La historia de Burgos como ciudad surge en la Edad Media, cuando el avance de los musulmanes y la despoblación del territorio obligó al rey Alfonso III a encargar al conde Diego Rodríguez Porcelos la fundación en el año 884 de un asentamiento en lo alto de una colina junto al río Arlanzón.
El nombre de la ciudad de Burgos deriva del término "burgus", cuyo significado viene a ser una fortificación o fortaleza construida para vigilar el territorio de su jurisdicción, en la que se asentaban los principales gremios de artesanos y comerciantes.
La privilegiada situación del emplazamiento, en la encrucijada de las principales rutas y caminos de la época y en mitad del Camino de Santiago, hizo que Burgos creciera rápidamente. En el siglo X Burgos ya era una gran ciudad de Castilla (llegando incluso a ostentar la capitalidad) y pieza imprescindible en la reconquista. Figuras imprescindibles de esta historia son Fernán González o Rodrigo Díaz de Vivar, el Cid Campeador, el burgalés más conocido en todo el mundo.
En el siglo XIII se derriba la antigua catedral románica de la ciudad que se había construido entre 1080 y 1095 sobre un solar que había ocupado el palacio de los Reyes de Castilla, terreno donado por el Rey Alfonso VI al obispo, D. Jimeno.
Sobre ese mismo emplazamiento, el Rey Fernando y el Obispo D. Mauricio ordenan el inicio de la construcción de la actual Catedral de Burgos, unas obras que comenzaron en 1221 y que dieron como resultado uno de los mayores exponentes del gótico mundial y una de las más bellas catedrales del mundo.
En esta época también se construye otra de las grandes joyas arquitectónicad de Burgos, el Monasterio de las Huelgas. Este monasterio femenino de la orden del Císter, se convirtió en uno de los mayores centros de poder de la ciudad. Aquí juramentaban los caballeros, se coronaban reyes y también muchos de ellos eran enterrados aquí.
Entre los siglos XV y XVI la ciudad de Burgos vive su etapa de mayor esplendor, coincidiendo con el reinado de los Reyes Católicos. En este período se construyen grandes palacios, como la Casa del Cordón (Palacio de los Condestables de Castilla, de estilo renacentista, hoy sede de Caja Burgos). Burgos llega a tener 25.000 habitantes y la ciudad se expande hacia el otro lado del río Arlanzón.
Sin embargo, a partir de 1575, la prosperidad de Burgos se derrumba, debido principalmente al deterioro de sus exportaciones y a la importancia que cobra el tráfico con el nuevo continente descubierto por Colón. La peste y el hambre redujeron la población de Burgos hasta los 4.500 habitantes, a mediados del s. XVII.
En el siglo XVIII Burgos comienza a despertar de su letargo. En el s. XIX, tras su ocupación por los franceses, que volaron el Castillo, Burgos comenzó a tomar su actual forma. Para entonces ya contaba la ciudad con su conocido Espolón, el edificio del Ayuntamiento, o los paseos del Espoloncillo, la Isla o La Quinta, así como la mayor parte de los edificios históricos del centro de la ciudad.
En la década de los 40, en el siglo XX, comienzan a instalarse las primeras industrias en la ciudad, aunque no sería hasta los sesenta cuando se crea el polo industrial de Burgos, que realmente comenzaría a dar vida nuevamente a la ciudad.
En 1984, la Catedral de Burgos es catalogada como Patrimonio de la Humanidad por la Unesco, lo que supuso un importante apoyo para una muy necesitada rehabilitación de este insigne monumento burgalés. Además, el legado cultural de la ciudad y su situación en el Camino de Santiago, han favorecido una importante actividad turística en la ciudad.